Schäden und Voruntersuchungen an den oberen Wandbereichen und Gewölben
Die besonders durch eingedrungene Feuchtigkeit ab 1945 stark beschädigten Gewölbe- und oberen Wandzonen der Hofkirche konnten von 1959 bis 1962 restauriert werden. Doch verstärkt seit den 1990er Jahren entstanden erneut Schäden und Verluste an der Raumschale. Durch Salzaktivitäten völlig gelockerte Stuckteile fielen zu Boden und zerstäubten auf dem harten Steinbelag.
Zur Sicherung der Kirchenbesucher wurden Netze in Höhe des Hauptgesimses gespannt, in denen sich bald etliche vergoldete Stuckfragmente ansammelten.
Da derartige Schäden normalerweise infolge raumklimatischer Wechselverhältnisse entstehen, wurden vom 17.10.2000 bis 16.10.2001 Klimamessungen sowie Salzanalysen durchgeführt. Diese ergaben, dass es Magnesiumsulfate sind, die sich oberflächennah anreichern. Durch hohen Kristallisationsdruck bzw. durch häufigen Phasenwechsel zwischen Epsomit und Hexahydrit (Hydratstufen des Magnesiumsulfats) bei schwankender relativer Luftfeuchte (35% bis 68%) brechen die Vergoldungen und Marmorierungen auf und das Stuckgefüge wird letztlich zerstört. Ein wesentlicher Aspekt der Schadensbildung ist also die enorme Konzentration von Magnesiumsulfat unter der Oberfläche. Verbunden mit der Bildung von Salzlagern, die in Form von nachdrückenden pulvrigen Lagern und weißen herauswachsenden Bärten überall auftauchen, platzen die Fassungen auf und fallen mit Bruchstücken des Stuckträgers herunter.
Aus den spärlichen Aufzeichnungen um 1960 sowie aus restauratorischen und naturwissenschaftlichen Untersuchungen ab dem Jahr 2000 geht hervor, dass man zur Festigung morbider Stucksubstanz verschiedene Mittel wie Kunstharze, Schellack etc. einsetzte. Das Problem der zerfallenden Stuckapplikationen bestand also bereits vor etwa 50 Jahren. Die akuten Schäden sind auch im Zusammenhang mit den genannten Festigungsmitteln zu sehen. Bei der Vorgabe zum weitgehenden Erhalt von Originalstuck ist es heute allerdings kaum möglich, diese organischen Bindemittel wieder zu extrahieren.
Bereits vor einigen Jahren wurde versucht, salzkontaminierte Probekörpern (zur Schonung der originalen Stucksubstanz) entsprechenden Klimaeinflüssen auszusetzen bzw. die typischen Schadbilder nachzustellen, um die komplizierten Vorgängen oberflächennaher Schadsalzanreicherung, Umkristallisation und Aufbrechen der Stuckfassungen zu verstehen. Da diese Modellversuche angesichts vielschichtiger Einflussfaktoren, denen das Original unterliegt (z.B. Fremdsubstanzen aus der Restaurierung um 1960 in verschiedenen Konzentrationen und Zusammensetzungen), nur unzureichend Antwort auf die zahlreichen Fragen gab, war es schwierig, ein einheitliches und nachhaltiges Konservierungs- und Restaurierungsrezept vorzugeben. Der Erfolg der Restaurierung hängt in hohem Maße von der richtigen Interpretation der Schadbilder an der jeweiligen Schadstelle und einer variablen d. h. angepassten Vorgehensweise, Konservierungstechnologie und materialgerechten Applikation ab.
Die Schadsituation an den stark überarbeiteten Gewölbemalereien, die fälschlicherweise oft als Fresken bezeichnet werden (es handelt sich um Gemälde, die in einer Seccotechnik auf trockenem, gipshaltigen und relativ glattem Putz ausgeführt wurden), erscheinen nicht so dramatisch wie die der Stuckapplikationen. Zahlreiche Stellen weisen zwar abpudernde Malschichten auf und ein dichtes Netz von Rissen überzieht die Oberfläche. Vergrauungen und Vergilbungen hängen möglicherweise mit Festigungsmitteln und Überzügen der Nachkriegsrestaurierung zusammen. Hier werden die restauratorischen und naturwissenschaftlichen Untersuchungen in nächster Zeit mehr Klarheit bei der Beurteilung der Schäden bringen, um daraus eine geeignete Vorgehensweise zu entwickeln. Auch Erkenntnisse zur Werktechnik von Rudolph Byss an seinem Alterwerk (Byss war 1736 bereits über 70 Jahre alt) erhofft sich die Bayerische Schlösserverwaltung.